Второе поколение Octavia было представлено в марте 2004 года. В основу новинки легла платформа Volkswagen Group A5 (PQ35)
Разработчиком дизайна выступил Дирк ван Брекельruen, при участии Люка Донкерволькеruen и Томаса Ингенлатаruen. Наряду с новой линейкой двигателей внутреннего сгорания, также используемой совместно с другими моделями Volkswagen Group, новый кузов получил увеличенное пространство для ног пассажиров на задних сиденьях, устранив один из недостатков предыдущего поколения модели, багажное отделение стало рекордным в классе. Независимая задняя подвеска теперь устанавливалась на всех версиях. Впервые на модели дебютировали бензиновые двигатели с непосредственным впрыском топлива (атмосферные FSI и турбированные TSI), и инновационные роботизированные коробки передач DSGruen (на тот момент времени – передовое решение для своего класса).