Проблема найдена.

Собственно причиной стука вероятнее всего стал болт крепления гидроблока к маховику. Почему вероятнее? Просто за сегодня мы так убились, что воткнуть коробку обратно, все собрать и проверить сил уже не хватило. Запускали отдельно мотор без акпп- посторонних шумов и стуков не выявлено. Завтра нас будет уже четверо и надеюсь все получится.